Research Description:

Keberadaan memori sel-T yang timbul karena infeksi virus pada masa lalu dapat memberikan perlindungan parsial terhadap infeksi virus lain yang dikenal sebagai kekebalan heterologous. Kekebalan yang dimediasi oleh sel-T tidak mencegah infeksi tapi dapat meringankan gejala klinis suatu penyakit dengan cara menghilangkan virus dari dalam tubuh dengan cepat. Sel-T merupakan sel imun yang dapat mengenali sel lain yang terinfeksi berdasarkan pengenalan peptida virus yang dipresentasikan oleh molekul HLA (human leukocyte antigen) pada permukaan sel yang terinfeksi. Respon sel-T terhadap peptida antigen itu sendiri akan sama di semua populasi, tetapi mengingat molekul HLA sangat polimorfik dan khas untuk masing-masing populasi, maka penelitian tentang epitop sel-T yang akan dikenali oleh populasi Indonesia sangatlah dibutuhkan baik untuk memahami mekanisme respon kekebalan maupun untuk pengembangan vaksin, diagnostik, serta imunoterapi lainnya. Sampai saat ini, belum ada penelitian mengenai epitop sel-T dan kekebalan seluler baik terhadap virus korona maupun patogen lainnya di Indonesia. Penelitian yang diusulkan ini bertujuan mendapatkan data tentang peptida imunogenik dari virus korona (SARS-CoV-2) yang dipresentasikan oleh molekul HLA pada populasi Indonesia. Dalam kerangka kerjasama internasional (TimCovSEAEu: Indonesia, Thailand, dan Germany), data yang didapatkan dari penelitian populasi Indonesia akan dibandingkan dengan data dari populasi Thailand dan Germany. Diperkirakan bahwa kekebalan sel-T yang bersifat heterologous ini dapat mengurangi tingkat keparahan infeksi SARS-CoV-2. Pada penelitian ini kami akan menggabungkan prediksi epitop sel-T secara in-siliko menggunakan metoda imunoinformatik dan validasinya secara in-vitro yang akan dilaksanakan selama 3 tahun. Kegiatan tahun pertama: (1) Prediksi epitop sel-T menggunakan metoda imunoinformatik, (2) Perekrutan, screening dan wawancara individu yang akan direkrut sebagai donor, (3) Pengambilan sampel biologis berupa buccal swab dan pengujian tipe HLA, (4) sintesis peptida secara komersial, (5) Pengambilan sampel darah dan isolasi PBMC (peripheral blood mononuclear cells) dari para donor, (6) Uji imunogenisitas epitop hasil prediksi dengan metoda interferon-γ ELISPOT (enzyme-linked immunospot) assay dan identifikasi fenotipe sel-T menggunakan metoda flow cytometry. Kegiatan tahun kedua: (1) Pengambilan sampel darah dan isolasi PBMC (peripheral blood mononuclear cells) dari para donor, (2) Uji imunogenisitas epitop hasil prediksi dengan metoda interferon-γ ELISPOT (enzyme-linked immunospot) assay dan identifikasi fenotipe sel-T menggunakan metoda flow cytometry, (3) Membandingkan respons sel-T spesifik SARS-CoV-2 pada populasi Indonesia, Thailand dan Germany. Pada tahun ketiga, kami akan merekrut lebih banyak donor untuk konfirmasi bahwa peptida yang telah berhasil diidentifikasi sebelumnya akan juga dikenali oleh sel-T dari individu lainnya di Indonesia. (1) Menentukan frekuensi sel T spesifik SARS-CoV-2 pada populasi yang berbeda, (2) Menghubungkan respons sel-T SARS-CoV-2 dengan imunitas humoral dan data klinis, (3) Mengkarakterisasi longevity dan durability respon kekebalan yang dimediase oleh sel-T terhadap SARS-CoV-2. Penelitian ini akan dimulai dari TKT level 1 mengingat data literatur tentang peran sel-T dalam memberikan kekebalan seluler telah banyak dilaporkan namun belum ada penelitian serupa pada populasi Indonesia. Di akhir penelitian, TKT akan meningkat menjadi level 3 dikarenakan proof of concept sebagian telah berhasil dilakukan. Usulan penelitian lanjutan berupa karakterisasi fenotip menyeluruh sel-T spesifik yang mengenali epitop dari virus SARS-CoV-2 serta pengembangan prototipe vaksin tahap awal.